Ahoj, většinou záleží na typu souborů, např. obrázky můžeš ukládat:
images/slozka-tve-komponenty
U ostatních souborů, pokud jsou dočasné, dával bych je to tmp složky, pokud ne, tak bych udělal speciální složky v rootu.
Co se týče uživatelských dat, nevím co jsou "jisté důvody", ale rozhodně bych se je snažil spíše ukládat do databáze. Ono většinou všechna taková data patří spíš do databáze - kvůli bezpečnosti, kvůli akcím (výpis, filtrace, zápis, atd.), kvůli zálohování.
Např. uložit data pana Karla do souboru karel.txt by bylo asi hodně nešťastné (vzhledem k bezpečnosti)