Odpovím aniž bych byl guru, ale možná se někdo přidá.
aby Joomla sama generoval duplicitní stránky mi přijde dost podivné. Všechny publikované články musíš najít v Articles, popř. na ně může směřovat odkaz z menu. Duplicitu asi můžeš odstranit přidáním stránky do robots.txt, ale spíše bych začal tím že odstraním tu příčinu, to znamená dohledím ty duplicitní články, někde tam být musí.
Ohledně error page, k tomu slouží error.php, někde na netu je návod. Vytvoříš článek ERROR 404 s textem a odkazem na hlavní stranu a do souboru error.php nadefinuješ jen přesměrovaní na ID článku. Pokud následně napíšeš do URL nějakou blbost, systém tě přesměruje na tvůj článek o chybě, to by vysvětlovalo proč u nefunnkční URL se ti objevuje prázdná stránka s některými moduly (mrkni do error.php co tam máš). Ten script pro redirect má asi jen 2 řádky, pokud toho tam máš víc, tak to generuje to co je uvedené v tomto souboru.