Tak jsem se k tomu zase po čase dostal a nakonec problém i vyřešil. Při instalaci Joomsef to chce vytvořit .htaccess, ale když už tam jeden je, tak ho to nepřepíše ani když k tomu má práva. Tak jsem stávající .htaccess odstranil a při opětovné instalaci to samo vytvořilo nový soubor .htaccess a s ním již vše funguje.
