Dva weby v sobě / problém

Dobrý večer.
Mám web a byl sem donucen jednu část oddělit, aby ji mohl spravovat někdo jiný.
Samotný web je v podstatě jen hlavní stránka a dvě sekce. Takže jsem udělal to, že jsem založil podsložku /sekce2 a do ní zkopíroval a následně okleštil zálohu hlavního webu.
nyní je teda jedna instalace na doména.cz a druhá na doména.cz/sekce2
když si web prohlížíte a kliknete někam z hlavní vstupní stránky doména.cz tak se dostanete buď na podstránku /sekce1, nebo na jiný web na adrese /sekce2 a neměli by jste si ničeho všimnout.

Jenže při zapnutí SEF mi to nefunguje. Když kliknu na jakýkoli odkaz na podwebu domena.cz/sekce2 tak se mi otevírají stránky na hlavním webu, a tím pádem automaticky vypisuje 404.Takže pěkná url adresa je správně, jen se otvírá na špatném webu

Jak se z toho dá vybruslit? Používám ACEsef, zkoušel jsem i sef v joomle a dělá to pořád. Předem díky za tipy.

Přesně něco podobného jsem se snažil vygooglit, ale neuměl jsem to přesně pojmenovat.

Stou administrací a právama jsem ještě nezískal žádné zkušenosti. Ale zrovna v tomto případě to asi nepomůže. Web vlastní dva lidi a každý chce spravovat svou sekci někým jiným. Nerad bych aby pak vznikaly nějaké konflikty v nastavení společných komponent.