Myslím, že svůj hřbet, ani nic jiného ohýbat nebudete muset.
Zkuste
DOCman, velmi to silný nástroj na správu pro stahování, ale také nahrávání souborů. Má velké možnosti přidělení práv pro jednotlivé uživatele.
Pouze to nahrávání je řešeno poněkud jinak než jste popisoval. Lze nahrávat po souboru, nebo v dávkovém módu, tedy celou hromádku souborů v ZIP archivu, který je následně automaticky rozbalen na serveru.
Doporučuji neškudlit, v praxi přeskočit verzi 1.4 (na té si to vyzkoušíte, je zdarma) a zakoupit za 20€ rovnou licenci na novou 1.5.